El Centre d’Estudis Comarcals de Banyoles va ser fundat l’any 1943 per un grup de banyolins encapçalats per Jaume Butinyà i Granés que en va ser president fins l’any 1983 i des del seus inicis ha estat una entitat dedicada a la defensa, protecció i difusió del patrimoni arqueològic, històric i arquitectònic de la Comarca.
Durant aquests anys la seva activitat ha estat diversa si bé en els inicis i durant força temps l’acció principal va ser la de la creació i gestió del Museu Arqueològic Comarcal i de l’Arxiu Històric Comarcal ambdós a l’edifici de la Pia Almoina, l’antiga casa de la Vila, cedida en ús per l’Ajuntament per dedicar-lo a aquesta finalitat. Les col·leccions d’aquest museu van créixer a base de donacions i adquisicions però sobretot pel material procedent de les excavacions arqueològiques que eren dirigides pels mateixos membres de l’entitat, com el de les coves prehistòriques de Serinyà o dels jaciments ibèrics i romans de Porqueres i Vilauba.
El museu també ha crescut en espai amb la incorporació de diverses cases veïnes i amb l’augment de material arqueològic gràcies a la descoberta de nous jaciments com el paleontològic d’Incarcal a Crespià o el neolític de la Draga a Banyoles entre altres. Això i la creixent professionalització del mon de l’arqueologia i el de la museologia, ha estat del tot necessari que a partir dels anys vuitanta sigui l’Ajuntament qui s’ha fet càrrec de la seva gestió mentre l’arqueologia avui està en mans, també de professionals qualificats de les Institucions que pertoquen a aquest àmbit.
Relacionat d’alguna manera amb el museu s’han de comptabilitzar en l’haver de l’entitat tres exposicions importants de producció pròpia a partir de materials del mateix museu i altres externs. Si bé se’n van fer altres aquestes tres van deixar empremta i els seus elements van passar a formar part de l’exhibició permanent del museu. Es tracta de la “Prehistòria de la comarca de Banyoles” l’any 1976, “Banyoles fa un milió d’anys” l’any 1986 i “Pere Alsius i la mandíbula de Banyoles” dos anys més tard tot commemorant el centenari del descobriment.
Al marge del museu, el Centre d’Estudis ha mantingut una acció editorial i organitzativa considerable. Ja el 1947 va publicar la important obra de Mn. L.G. Constans, “Dos obras maestras del arte gótico en Bañolas” i a partir de llavors no van faltar quasi cada any els Quaderns, primer miscel·lanis a la manera dels tradicionals Annals i a partir de l’any 1996 fins avui publicant les actes dels Col·loquis de tardor una de les activitats anuals més importants entre les que organitza l’entitat. Així mateix s’han de comptar més de quinze monografies de diversos temes relacionats amb la comarca i sobretot els sis volums del Diplomatari de Mn. L.G.Constans.
En els darrers anys l’entitat ha diversificat la seva activitat sense marxar dels seus principis fundacionals aconseguint així una major connexió amb la ciutat i amb la gent interessada a conèixer el patrimoni de la Comarca i participar en la seva protecció. Moltes d’aquestes activitats s’han dut a terme amb altres entitats locals o institucions com el Centre Excursionista, Limnos, Joventuts Musicals o la Universitat de Girona. Així, a partir de l’any 2000, es va iniciar el Concurs de fotografia, pocs anys més tard les sortides mensuals de Conèixer el Pla de l’Estany, la col·laboració amb els concerts de Música i patrimoni i darrerament s’ha constituït un Grup de treball que duu a terme accions de recuperació del patrimoni de la Comarca.
Finalment i ja des d’un punt de vista didàctic i de formació, el 2012 i al llarg de tres cursos va organitzar un curs d’Història de Catalunya amb conferències i excursions relacionades amb cada una de les conferències. L’èxit d’assistència va animar a l'entitat a dur a terme altres cursos com el Curs de Geologia o el de Literatura catalana tots ells dirigits per membres de l’entitat i professorat intern o extern a ella. Aquests cursos, juntament amb els Col·loquis de tardor exemplifiquen el nivell assolit pel Centre d’Estudis i la important tasca que segueix portant a terme des de la seva fundació.
