El 18 de juliol de 1936 es va produir a Espanya una rebel·lió militar contra la República. El fracàs de la revolta a Catalunya i a altres territoris d’Espanya va donar pas a una guerra i a una revolució.
La derrota de la revolta militar va produir un buit de poder, que els elements revolucionaris van aprofitar per armar-se i ocupar els carrers. Arreu de Catalunya es van formar comitès de guerra. A Banyoles, el comitè va estar integrat per gent de la CNT, PSUC, POUM i el Sindicat Agrícola. Aquest comitè, amb el suport de milicians armats, va aixecar barricades a les entrades de la ciutat, va donar passis per circular, va col·lectivitzar les indústries i va imposar la seva llei. Els ajuntaments van quedar desbordats. Els elements de dretes, i especialment els capellans, van ser perseguits. Al Pla de l’Estany van ser assassinats onze capellans: els rectors de Falgons, Galliners, Orfes, la Mota, Porqueres, Sant Esteve de Guialbes, Serinyà i Vilademuls, i tres més que vivien a Banyoles. Les monges van ser expulsades dels convents, les esglésies van ser saquejades, les imatges i objectes de culte van ser destruïts i es van estimbar les campanes. També van ser assassinades tretze persones de dretes, sis de Banyoles i set de la resta de la comarca.
A poc a poc, la Generalitat va anar recuperant el control de la situació. El mes d’octubre de 1936, els comitès es van dissoldre per donar pas a uns nous ajuntaments, constituïts per persones designades pels partits i sindicats que donaven suport a la República, és a dir, ERC, CNT, PSUC-UGT, Unió de Rabassaires, POUM i Acció Catalana. Els alcaldes de Banyoles, durant els anys de guerra, van ser Benet Dilmé (CNT), Josep Ametller (ERC), Josep Verdaguer (CNT), Llorenç Busquets (PSUC) i Jacint Masgrau (Acció Catalana). Superant dificultats de tota mena, aquests ajuntaments van intentar restablir l’ordre i resoldre els problemes que tenia la població, perquè, a la reraguarda, la situació era cada cop més complicada. Les indústries patien manca de matèries primeres i de combustible i la producció va caure o fins i tot es va paralitzar. Al camp faltaven mans i, per tant, es van produir problemes d’avituallament.
La situació es va complicar amb l’arribada d’onades de refugiats, nens i famílies, que fugien de la guerra. Van arribar d’Aragó, de Madrid, del Nord i d’Andalusia. Organitzacions com la Unió de Dones o el Socors Roig es van dedicar de ple a donar-los acollida. El 1938 es va instal·lar al monestir un hospital de guerra, que va acollir nombrosos ferits.
En els primers dies de la guerra, molts catalans es van allistar com a voluntaris en les diverses columnes que es van organitzar. Més tard, les milícies es van militaritzar i les necessitats de la guerra van fer que s’anessin cridant lleves, ampliant les edats dels cridats per dalt i per baix. Al conjunt del Pla de l’Estany van ser cridades unes 2.000 persones, tot i que no tots els que van ser cridats al front hi van anar. En el bàndol republicà van morir 80 soldats de Banyoles i 128 més dels altres pobles del Pla de l’Estany. Hi va haver també 126 veïns del Pla de l’Estany que van lluitar al bàndol franquista, dels quals van morir 19 soldats, vuit de Banyoles i onze de la comarca.
La derrota republicana a la batalla de l’Ebre va marcar l’inici de la fi. El 23 de desembre de 1938, l’exèrcit franquista va desencadenar l’ofensiva final contra Catalunya. Barcelona va caure el 26 de gener. El 7 de febrer les tropes franquistes van ocupar Banyoles i el dia 9 van arribar a la frontera. Es tancava així una il·lusió col·lectiva que havia començat un llunyà 14 d’abril de 1931.
