Banyoles es va formar a resultes de la colonització benedictina d’inicis del segle IX. Ben bé, però, no se sap la data certa de la seva fundació. Tanmateix, un document de l’11 de setembre de 822 ens informa que el comte gironí Rampó va obtenir per a l’abat banyolí Mercoral un precepte de l’emperador franc Lluís el Pietós. En aquest pergamí confirmava la possessió de Banyoles per a la comunitat benedictina i posava l’abat, els monjos i els béns del monestir sota la seva tutela; i concedia la lliure elecció de l’abat, d’acord amb la Regla de Sant Benet d’Aniana (750-821). S’esmenta que l’abat Bonitus (Bonet o Bonit) havia edificat la seva església damunt d’un antic temple quan s’hi va establir, segurament cap el 812, ara fa més de 1200 anys. S’agafa la data de 812 com la de la possible fundació, tot i que podria ser feta a final del segle VIII. Aquest fet la converteix en la fundació benedictina més antiga al sud de la Marca Hispànica.
Així, doncs, un grup de monjos o laics, procedents del regne franc o de residents a la contrada, encapçalats per Bonitus (Bonet o Bonit), varen colonitzar un erm anomenat “Baniolas”; i varen edificar unes primitives construccions, aïllades i senzilles, formades, probablement, per l’església dedicada a Sant Esteve i un edifici annex. Al voltat del monestir es van aplegar els primers habitants. Es van dessecar els aiguamolls, es varen construir els recs i, així, es van posar els ciments d’una població puixant.
Vers el 945 va ser incendiat i destruït, i poc després l’església va ser reconstruïda, amb volta de canó. Tot i que, el 1086, es va refer amb un gran temple de tres naus. La jurisdicció del monestir va créixer gràcies a les noves colonitzacions i a les diverses donacions. Durant el segle XI el seu poder territorial va arribar al punt àlgid. Tenia possessions al voltant de Banyoles, als comtats de Girona, Besalú, Empúries, Barcelona i Cerdanya-Rosselló. El monestir va unificar el seu territori amb la possessió de totes les terres que van des del riu Ser a la riera de Merlant (Porqueres) i de la Farrès (Fontcoberta) a Banyoles. Lamentablement, a aquest període d’expansió li va seguir un d’abandonament i destrucció, quan va passar a mans laiques (de senyors laics). Posteriorment, Bernat II de Besalú, defensor de la reforma de Cluny, el va alliberar de la subordinació laica i el va incorporar a les abadies reformadores ultrapirinenques, en concret a la de Sant Víctor de Marsella.
Els terratrèmols de 1427 i 1428 van derruir l’edifici i una part del campanar, i les tropes franceses, el 1655, el van acabar de destruir, així com el claustre i l’abadia. L’església actual (llevat de la portalada gòtica del 1530) és una obra barroca (1704-1740), mentre que el claustre va ser edificat entre els anys 1778 i 1783. Mil anys després de la seva formació, durant el segle XIX, el monestir de Sant Esteve va deixar d’existir. El 27 de juliol de 1835 l’últim abat va rebre l’ordre d’exclaustració i d’abandonar-lo. Els senyors feudals, marxaven de Banyoles per no tornar-hi mai més.
