L’església de Santa Maria dels Turers es troba documentada l’any 1017. A la Banyoles medieval es va veure la necessitat de construir una nova església en un lloc fora del monestir benedictí de Sant Esteve. Segurament, el primer temple de Santa Maria dels Turers, dedicat ja a la Verge Maria, s’hauria edificat durant la segona meitat del segle X. Va néixer com a església filial de la de Sant Esteve i es tractava d’una petita església d’estil romànic. Es va situar en un lloc elevat, en un turó o en un lloc on predominava la pedra, i d’aquí en deriva probablement el nom de Turers (“turario”). Abans, però, ja hi havia hagut una antiga esglesiola bastida entre els segles IX-X.
L’església romànica va quedar petita. Llavors els prohoms (les persones importants) de la vila banyolina van demanar permís al bisbe de Girona Pere de Castellnou per a alçar-ne una de nova. La concessió atorgada el 7 de gener de 1270 pel bisbe i el capítol de la catedral de Girona als prohoms i a la vila de Banyoles era per enderrocar l’antic temple romànic de Santa Maria dels Turers i construir-ne un altre de millor. L’actual església es va començar a construir el 1270 i es va acabar vers el 1333.
El temple va ser concebut amb una sola nau, en quatre seccions o tramades, que s’estintolaven en potents contraforts. L’absis i la primera tramada responen a la particular interpretació catalana del gòtic inicial, de la qual en són un dels primers exemples. La resta de la nau, construïda per Pere de Torroella, retorna a les solucions arquitectòniques tradicionals del romànic. El 22 de febrer de 1293 els prohoms de la Vila banyolina varen signar amb ell un contracte d’acabament de l’església en un termini màxim de deu anys.
La seva estructura ha sofert nombroses modificacions. El cor és de 1570, la nau lateral nord dels segles XVII-XVIII, la del sud és del segle XIX, igual que el pòrtic neoclàssic de ponent. La portalada gòtica estava en el mur lateral sud, però va ser traslladada a la zona de l’absis el 1864.
Des dels seus inicis, va ser promoguda pels prohoms banyolins en contraposició al poder religiós i feudal de l’abat del monestir. Aviat va estar regida espiritualment per dos curats, el capellà major i el domer. Per sota i al seu servei hi havia l’”scabolarius” que cuidava la sagristia i el bon ordre de l’església. El 1265 fou creat un nou benefici curat amb el nom de sagristà.
No va ser fins a la desaparició del monestir benedictí de Sant Esteve de Banyoles, a la dècada dels trenta del segle XIX, quan va esdevenir de ple dret església parroquial.
