Tot i que no se sap amb certesa la data exacta de l’arribada de les relíquies de Sant Martirià a Banyoles. Tot i això, el que sí que sabem, gràcies a un manuscrit del segle XV trobat per Mn. Constans, és que durant la consagració de la tercera església del Monestir, duta a terme l’any 1086, ja s’hi varen dur les relíquies del sant des de l’anomenat Puig de Lió.
En conseqüència, podem afirmar que la primera capella o ermita que es bastí al cim d’aquest puig es deuria dur a terme a finals del segle X o començaments del següent, per tal de poder-hi aixoplugar les esmentades relíquies.
Durant gairebé 300 anys no es va tenir cap altre tipus de notícies sobre el que succeí en aquest indret isolat. L’any 1583, l’Ajuntament de la Vila (la Universitat) i el monestir de Sant Esteve, com a encarregats de la capella del Puig de Sant Martirià, i a petició de l’abat Antic de Villalba, varen convidar els frares Caputxins de Sant Francesc perquè vinguessin a la ciutat i es fessin càrrec d’aquella capella. Això ho van fer el 23 de desembre d’aquell mateix any.
El que van trobar els Caputxins quan hi van arribar no era gran cosa i el que s’hi feia allà no sembla ser que satisfés les autoritats de l’època, ja que “aquesta casa, més que un convent semblava una barraca de camperols, tenia un petit hort sense tanca i sense altra aigua per a regar-la que la que proporcionava una cisterna”. Per aquest motiu, el primer que varen fer els franciscans va ser bastir-hi un petit convent i una església.
Aquesta primera comunitat, segons esmenta Jordi Galofré al seu article “La presència dels ordes religiosos a Banyoles” (dins Miscel·lània en Honor de Josep M. Marquès. Girona, 2010), estava formada per cinc monjos: Llorenç d’Osca, Salvi Forest d’Hostalric, Bonaventura de València, Domènec de La Guàrdia, i el germà llec Antoni de Baeza que, a banda de ser l’encarregat de l’adequació de l’ermita i els entorns, va ser qui ens va deixar la descripció del que hi havia quan van arribar. Foren ells els que, un cop establerts, van decidir bastir-hi el primer convent que hi hagué en aquest indret.
Les obres del que deuria ser un petit convent amb una església van començar el dilluns de carnestoltes del 1584; i el dia de Sant Pere varen pujar des de Banyoles, en processó, el Santíssim Sagrament. Les dimensions d’aquest edifici no havien de ser molt grans, ja que anys més tard, quan els Servites van construir el nou convent, aquesta església passà a ser la porteria del nou edifici, mentre que la capella dels Dolors es va convertir en celler.
Tanmateix, van gaudir poc temps d’aquesta nova construcció; cansats de les incomoditats del lloc, el 1614 van plantejar l’abandonament d’aquell establiment, però l’abat del Monestir, Bartomeu de Montagut, s’hi va oposar. Va intentar involucrar el consistori, que va prometre una ajuda -que mai no es va materialitzar- i es va aturar l’opció durant un temps. Les converses van seguir i, ja el 1625, es va determinar un canvi d’ubicació del convent -per la qual cosa el 9 de febrer es va demanar el preceptiu permís al general dels caputxins a Roma. Volien establir-se en un punt més proper a la població. Per aquest motiu, es va acceptar un llegat que hauria d’ajudar a fer-ho realitat, però en no arribar a bon port cap de les solucions, finalment, l’any 1637, es va acordar demanar a Roma la supressió del convent, cosa que es va fer efectiva el 22 d’abril de 1638. Havien passat només una cinquantena d’anys des que s’hi havien instal·lat (tot i que el 1683, i encara el 1734, novament, es van fer passos pel retorn dels caputxins). Cal dir, com a nota negra, que el poble va assaltar el convent abandonat i es va endur tot el que hi va trobar.
