El mes d’agost de 1913, de la mà del «Fomento de Cultura y Sport» Francisco Ballesteros Pérez, oficial de telègrafs de la ciutat, va fundar el F.C. Banyoles. A partir d’aquí s’anirien creant diferents equips, de vida més o menys efímera. Entre ells, hi trobem la Penya Àguiles, amb local social establert al cafè Ideal Bar de la plaça dels Turers; i el Ràpid F.C, l’equip que representà a «La Lliga de Defensa de l’Agricultura, Industria y Comercio», societat rival de l’anterior, situada a l’altra costat de la plaça Major i que tenia el camp de futbol al passeig Dalmau, just al costat del camp del seu rival, del que només els separava un rec.
L’any 1925, desapareguts aquests equips, naixia un nou club, el Centre d’Esports Banyoles que, tot i la bona voluntat, poc després feia aigües. Dos anys més tard, el 1927, un grup de socis del Club Natació Banyoles varen proposar a l’assemblea de l’entitat que, a banda de la natació, també gestionés una secció de futbol. La proposta fou acceptada i va permetre que es busqués un camp on poder jugar. Alhora, el 30 de maig de 1928, es sol·licitava l’ingrés a la Federació Catalana de Futbol. Però greus incidents sorgits entre les dues seccions esportives van provocar moltes friccions, de manera que, al 1929, es va decidir eliminar aquesta secció.
Durant tots aquests anys, van tenir com a terreny de joc un camp cendrós, inaugurat el 30 de mai de 1928, situat entre l’estanyol de la Cendra i el passeig Dalmau. Era de mides molt petites i es convertia en un fangueig a la mínima precipitació. Aquest fet els va dur a traslladar-se, el 1932, a un nou camp, el “Camp de les Pedreres”. Les insuficients mides de l’àrea i la impossibilitat d’una ampliació van fer que l’any següent tornessin a les vores de l’estany, a l’anomenat «Camp dels prats de l’Estany», a tocar d’aquell primer camp del Centre d’Esports.
Paral·lelament, el 25 de juliol de 1933, el Centre Parroquial inaugurava un camp de futbol al capdamunt del carrer de Sant Martirià. Es va formar un primer equip en el que hi jugaven afiliats i simpatitzants, alguns dels quals, a poc a poc, els va fitxar el FC Banyoles. Malauradament, amb l’arribada de la Guerra Civil, aquest equip va desaparèixer (això mateix va passar amb el F.C.Banyoles). El futbol no tornaria a reeixir fins a mitjans de la dècada dels anys 30 de la mà del Centre Parroquial. Disputaven els seus partits en un camp que hi havia al capdamunt del carrer Sant Martirià, fins que, al 1942, fa la seva aparició el Club Deportiu Banyoles.
L’any següent, l’Ajuntament cedí uns terrenys de l’horta dels Servites (a l’actual plaça de Pau Casals) que es convertiria en el Camp Municipal d’Esports. Aquest terreny seria conegut com el «Camp dels Servites». Un anys després, l’equip del Club Deportiu Banyoles aconseguiria pujar a Primera Regional.
Van ser uns temps difícils, però van poder sortir de l’escull. Al final de la temporada 1956-1957, el C.D. Banyoles va pujar per primera vegada a Tercera Divisió. Dos anys després, el 29 de juny de 1958, s’inaugurava el nou camp d’esports a l’actual carrer del Canat,. Era el primer camp de futbol construït amb aquesta finalitat, amb vestidors, grades, etc. Deu anys més tard, el 25 d’octubre de 1968, s’inaugurava l’actual «Camp Nou» que duu per nom el d’en Miquel Coromina, principal promotor de la construcció d’aquest camp.
L’any 1969 es va celebrar per primera vegada el Torneig de l’Estany. Era el mateix any que es va inaugurar la il·luminació artificial, la qual cosa que permetia poder disputar partits nocturns.
La temporada 1982-1983, el Club va tornar a assolir l’ascens a Tercera. El 1991 aconsegueix la seva màxima classificació històrica, quedant 3r de la Tercera Divisió Nacional.
Durant diverses temporades dels darrers 25 anys el primer equip va mantenir la Tercera Divisió. Finalment, però, el tema econòmic i la baixa dels principals espònsors van afectar el manteniment de la categoria i actualment l’equip milita a la Primera Catalana. En aquesta categoria, a banda de trobar-se molt còmode per les expectatives del Club, es pot dir que és un dels equips capdavanters.
Paral·lelament al Club Esportiu Banyoles, el 30 de novembre de 2006 es va fundar l’Atlètic Club Banyoles. Aquest club, si bé té com a objectiu principal la pràctica del futbol, també organitza diverses activitats lúdiques i culturals durant els partits que disputa a casa.
