El origen del hospital en Banyoles habría que buscarlo en el siglo IX, con la llegada de los benedictinos en la ciudad y la regla de san Benito. Los hospitales se regían por esta regla, la que habla de cómo se ha de acoger los forasteros. No en vano el nombre de hospital deriva de latín huespedes y este hospitalia que significa "lugar para acoger las visitas", es decir "hospitalidad".
Así, por un lado, dentro del mismo monasterio se instaló una enfermería propia que, bajo el cuidado del enfermero, se encargaba de los enfermos, de los ancianos y de aquellos que tuvieran necesidad de reposo. Por otro lado, la hospedería de la que se encargaba el propio hospitalero del monasterio y que tenía el trabajo de hospedar los viajeros.
Poco a poco, el hospital propiamente dicho, separado ya del propio edificio del monasterio pero dentro del cercado del mismo, cogió la función de albergar los "pobres de solemnidad de la presente villa". Hay que tener en cuenta que los enfermos y disminuidos físicos, cuando carecían de familia y bienes, se encontraban entre los más pobres y, por ello, es explicable que progresivamente el nombre de hospital fuera asociando a la función de atender enfermos. Finalmente, la separación se produce físicamente cuando pasa a ser administrado por la Universitat de la Vila.
En un principio, el hospital consistía en una única habitación, con un fuego y unas cuantos camas, suficiente para los transeúntes que pedían limosna. Pero, poco a poco, este espacio fue creciendo tanto por causa de los heridos producidos por las diferentes trifulcas en que se había visto implicada la ciudad a lo largo de los siglos, como por las diferentes enfermedades en forma de "plaga" que la asolaron. El espacio acabó siendo un edificio de dos plantas, con una huerta y una capilla dedicadas a Sant Roc que ya se encuentran citadas en 1699.
Ya bajo control municipal, a lo largo del siglo XVII, era administrado por dos concejales, un monje y un beneficiado del monasterio que era quien solía llevar las cuentas. Un siglo más tarde, ya en el siglo XVIII, pasó totalmente a manos del Ayuntamiento, el cual invierte las pocas rentas que genera la institución hospitalaria en dar de comer a los enfermos, cuidarlos y, cuando se daba el caso, enterrarlos el cementerio.
Pero a pesar del buen funcionamiento alcanzado a finales del siglo XVIII y, posiblemente, como causa de la Guerra Gran y la posterior Guerra del Francès, el hospital empieza a sufrir un grave deterioro. Con la llegada de la exclaustración de 1835 era sólo una sombra de lo que había sido. Aquel año, los benedictinos, al igual que otras congregaciones religiosas, tuvieron que abandonar sus propiedades. Entre ellas se contaba el hospital de Sant Roc que pasó a manos del Estado para ser vendido en pública subasta. Por el hecho de haberse quedado sin hospital -y bajo la administración del Ayuntamiento- se vieron obligados a trasladarse a otro lugar. Al principio, en la calle de las Escrivanies, según consta en un documento de 1840, en el que los antiguos enfermeros habían sido sustituidos por veladores y más tarde por una hospitalera viuda.
Años más tarde, una vez recuperadas las propiedades religiosas por parte de la ciudad y con la imposibilidad de construir uno nuevo, en 1853 se decidió continuar con el Hospital de Pobres en el monasterio de Sant Esteve. Allí, un limosnero, sin sueldo, era el encargado de conseguir recursos. Más tarde, se hizo cargo un enfermero y los farmacéuticos y médicos locales se turnaban para curar a los enfermos. Finalmente, en 1866 se trasladó a un edificio situado en el fondo de un callejón estrecho y sin aceras que salía del final del Carrer Major, junto a la actual plaza de la Font. En 1880, las «Germanes de Sant Josep» se hicieron cargo de este edificio a petición del propio ayuntamiento y permanecieron hasta la Guerra Civil. Fue cuando las monjas, debido a su condición religiosa, tuvieron que abandonar el edificio que volvió a quedar desatendido. Una vez terminada la conflagración volvieron a hacerse cargo del hospital. Debido a las malas condiciones en que éste se encontraba, en 1940 se trasladaron a Can Santano, un viejo edificio, alquilado por el Ayuntamiento en la calle Girona. Finalmente, el 19 de julio de 1964, se trasladaban a su actual ubicación: la clínica Salus Infirmorum.
