De la vida de Miquel Agustí se sabe muy poco, excepto que nació en Banyoles en 1560, que era hijo de Miquel Puig Agustín, paraire de Banyoles, de los de Can Puig de Centenys, y de Antiga, hija de los Comelles de Avinyonet de Puigventós, y que tenía una hermana llamada Maria, casada con Antoni Hago.
Se sabe, sin embargo, que el 5 de febrero de 1596, se presentó ante fray Adrià Maymó, Gran Prior de la orden de Sant Joan de Jerusalem, y los diversos miembros de la asamblea, a fin de que fuera «admitido en dicha religión y obtuviera el hábito y cruz de fraile cura» y poder así optar a la plaza de prior de Cotlliure que había quedado vacante (en el caso del Templo, con el nombre de prioratos eran conocidas las parroquias de patronato hospitalero y con el nombre de priores, los curas que las regentaron).
Superada la prueba, el 10 de febrero de 1596 fue nombrado prior de Cotlliure , una posesión, y probable pedido, de la Orden de Sant Joan de Jerusalem que se remontaba al siglo XIII. No se sabe si de Cotlliure pasó directamente a Perpinyà, pero lo que si es seguro es que en 1602 ya se encontraba en la capital rosellonense, ya que en esa fecha, Sebastià de Vilalba, comendador de Cotlliure y Bonpas del orden de Sant Joan, nombraba procurador sede a Miquel Agustí «prior del Templo de la fidelísima ciudad de Perpinyà, de la religión del Hospital de Sant Joan de Hierusalem» (los Hospitalers de l’Ordre de Sant Joan de Jerusalem -llamada más tarde orden de Malta- recibieron las posesiones de los templarios, cuando el papa Clemente V, en 1312 abolió esta orden).
Cuatro años después aún ostentaba este cargo -ya que en una visita de mejoramientos consta que había tenido cuidado de varias obras arquitectónicas verificadas a aquellas casas de Orla, Bonpàs y Cotlliure- pero aunque no se sabe hasta cuando, lo que sí es seguro es que en 1623 era prior de Sant Joan de Perpinyà.
La orden del Templo, realizó en todo el Rosselló, muchas acciones de mejora, en los molinos, secado de estanques, roturación de cultivos y mejora de montes; además disponían de varios rebaños de ovejas, toros y yeguas y los derechos correspondientes sobre pastos. Fray Miquel, con la experiencia adquirida con este contacto con el mundo rural, con el cultivo de las tierras y con el ganado, publicó la obra Libro de los secretos de agricultura, casa rústica y pastoril. El libro fue impreso en Barcelona en 1617, y hasta finales del siglo XVIII se habían hecho 23 ediciones, la mayoría en castellano. Durante un largo periodo, esta obra se convirtió en un referente en agronomía y un autor respetado en toda Europa. Consta de tres partes: la primera parte enseña cómo interpretar los cambios de tiempo, como curar enfermedades, como tener un huerto con plantas medicinales, flores y frutales y como combatir las diferentes plagas; la segunda trata la manera de plantar, cultivar y podar las viñas, cómo hacer vino, vinagre y aceite y otras aguas medicinales y bálsamos; y la tercera de cómo construir una casa rural, el arte de hacer de pastor y como curar los animales domésticos, desde «los caballos y otros bestias de trabajo» hasta otros más caseros como «vacas, cerdos, gallinas, conejos , abejas y gusanos de hilar seda». Era un libro de técnica agrícola y a la vez un manual de medicina tanto humana como animal, y de lo que se podría decir que es un tratado universitario destinado a una audiencia lega.
Murió a los alrededores de 1630, pero su nombre aún perdura, y un ejemplo de que su nombre no ha caído en el olvido, se puede constatar en el hecho de que en 2007, el Ayuntamiento de Sabadell y la Universidad Politécnica de Cataluña constituyeron la Fundación Miquel Agustí, enmarcada en el proyecto del Parque Agrario de Sabadell, con el objetivo de potenciar la investigación y el fomento de las variedades vegetales tradicionales catalanas. Tiene una calle dedicada en Banyoles.
