La iglesia de Santa María dels Turers se encuentra documentada en el año 1017. En la Banyoles medieval se vio la necesidad de construir una nueva iglesia en un lugar fuera del monasterio benedictino de San Esteban. Seguramente, el primer templo de Santa María dels Turers, dedicado ya a la Virgen María, se habría edificado durante la segunda mitad del siglo X. Nació como iglesia filial de la de San Esteban y se trataba de una pequeña iglesia de estilo románico. Se situó en un lugar elevado, en una colina o en un lugar donde predominaba la piedra, y de ahí se deriva probablemente el nombre de Turers ("turario"). Antes, sin embargo, ya había habido una antigua iglesia construida entre los siglos IX-X.
La iglesia románica quedó pequeña. Entonces los prohombres (las personas importantes) de la villa bañolense pidieron permiso al obispo de Girona Pere de Castellnou para alzarse una nueva. La concesión otorgada el 7 de enero de 1270 por el obispo y el capítulo de la catedral de Girona a los jefes y en la villa de Banyoles era para derribar el antiguo templo románico de Santa María dels Turers y construir otro mejor. La actual iglesia se empezó a construir en 1270 y se terminó hacia el 1.333.
El templo fue concebido con una sola nave, en cuatro secciones o tramadas, que se apoyaban en potentes contrafuertes. El ábside y la primera tramada responden a la particular interpretación catalana del gótico inicial, de la que son uno de los primeros ejemplos. El resto de la nave, construida por Pere de Torroella, retorna a las soluciones arquitectónicas tradicionales del románico. El 22 de febrero de 1293 los jefes de la Villa bañolense firmaron con él un contrato de finalización de la iglesia en un plazo máximo de diez años.
Su estructura ha sufrido numerosas modificaciones. El corazón es de 1570, la nave lateral norte de los siglos XVII-XVIII, la del sur es del siglo XIX, al igual que el pórtico neoclásico de poniente. La portada gótica estaba en el muro lateral sur, pero fue trasladada a la zona del ábside en 1864.
Desde sus inicios, fue promovida por los prohombres bañolenses en contraposición al poder religioso y feudal del abad del monasterio. Pronto estuvo regida espiritualmente por dos curados, el capellán mayor y el Domer. Por debajo y a su servicio estaba el "scabolarius" que cuidaba la sacristía y el buen orden de la iglesia. En 1265 fue creado un nuevo beneficio curado con el nombre de sacristán.
No fue hasta la desaparición del monasterio benedictino de Sant Esteve de Banyoles, en la década de los treinta del siglo XIX, cuando se convirtió de pleno derecho iglesia parroquial.
