El Centre d'Estudis Comarcals de Banyoles fue fundado en 1943 por un grupo de bañolenses encabezados por Jaume Butinyà i Granés que fue presidente hasta el año 1983 y desde sus inicios ha sido una entidad dedicada a la defensa, protección y difusión del patrimonio arqueológico, histórico y arquitectónico de la Comarca.
Durante estos años su actividad ha sido diversa, si bien en los inicios y durante bastante tiempo la acción principal fue la de la creación y gestión del Museu Arqueològic Comarcal y del Arxiu Històric Comarcal ambos en el edificio de la Pia Almoina , la antigua casa de la Villa, cedida en uso por el Ayuntamiento para dedicarlo a este fin. Las colecciones de este museo crecieron a base de donaciones y adquisiciones pero sobre todo por el material procedente de las excavaciones arqueológicas que eran dirigidas por los mismos miembros de la entidad, como el de las cuevas prehistóricas de Serinyà o de los yacimientos ibéricos y romanos de Porqueres y Vilauba.
El museo también ha crecido en espacio con la incorporación de varias casas vecinas y con el aumento de material arqueológico gracias al descubrimiento de nuevos yacimientos como el paleontológico de Incarcal en Crespià o el neolítico de la Draga en Banyoles entre otros. Esto y la creciente profesionalización del mundo de la arqueología y el de la museología, ha sido del todo necesario que a partir de los años ochenta sea el Ayuntamiento quien se ha hecho cargo de su gestión mientras la arqueología hoy está en manos, también de profesionales cualificados de las Instituciones que corresponden a este ámbito.
Relacionado de alguna manera con el museo deben contabilizarse en el haber de la entidad tres exposiciones importantes de producción propia a partir de materiales del mismo museo y otros externos. Si bien se hicieron otras estas tres dejaron huella y sus elementos pasaron a formar parte de la exhibición permanente del museo. Se trata de la "Prehistoria de la comarca de Banyoles" en 1976, "Banyoles hace un millón de años" en 1986 y "Pere Alsius y la mandíbula de Banyoles" dos años más tarde conmemorando el centenario del descubrimiento .
Al margen del museo, el Centre d'Estudis ha mantenido una acción editorial y organizativa considerable. Ya en 1947 publicó la importante obra de Mn. L.G.Constans, "Dos obras maestras del arte gótico en Bañolas" y a partir de entonces no faltaron casi cada año los Quaderns, primero misceláneos al modo de los tradicionales Annals y a partir del año 1996 hasta hoy publicando las actas de los Col·loquis de tardor una de las actividades anuales más importantes entre las que organiza la entidad. Asimismo se han contado más de quince monografías de diversos temas relacionados con la comarca y sobre todo los seis volúmenes del Diplomatari de Mn. L.G.Constans.
En los últimos años la entidad ha diversificado su actividad sin alejarse de sus principios fundacionales consiguiendo así una mayor conexión con la ciudad y con la gente interesada en conocer el patrimonio de la Comarca y participar en su protección. Muchas de estas actividades se han llevado a cabo con otras entidades locales o instituciones como el Centre Excursionista, Limnos, Juventuts Musicals o la Universitat de Girona. Así, a partir del año 2000, se inició el Concurs de fotografia, pocos años más tarde las salidas mensuales de Conèixer el Pla de l’Estany, la colaboración con los conciertos de Música i patrimoni y últimamente se ha constituido un Grup de treball que lleva a cabo acciones de recuperación del patrimonio de la Comarca.
Finalmente y ya desde un punto de vista didáctico y de formación, en 2012 y a lo largo de tres cursos organizó un curso de Història de Catalunya con conferencias y excursiones relacionadas con cada una de las conferencias. El éxito de asistencia animó a la entidad a llevar a cabo otros cursos como el Curs de Geologia o el de Literatura catalana todos ellos dirigidos por miembros de la entidad y profesorado interno o externo a ella. Estos cursos, junto con los Col·loquis de tardor ejemplifican el nivel alcanzado por el Centre d'Estudis y la importante tarea que se sigue llevando a cabo desde su fundación.
