Nascut a la Plaça Major de Banyoles el 4 de maig de 1804, era fill del metge-cirurgià banyolí Joan Hisern Bruguès i de Teresa Mulleras Farré.

Provenia d’una llarga nissaga de metges, iniciada pel seu rebesavi, Salvi, que exercí la professió a Cornellà, el seu poble natal. El seu avi, Salvi Isern Casanant, també nascut a Cornellà, va fer de cirurgià tant allà com a Banyoles, on ja va néixer el seu fill, l’avi d’en Joaquim, Pere Isern Comas. Seguint la tradició, va fer de cirurgià a Banyoles.

Va estudiar al Reial Col·legi de Medicina i Cirurgia de Barcelona. Va obtenir la qualificació d’excel·lent a totes les assignatures, i va assolir tots els graus que es podien tenir en la llicenciatura de medicina i cirurgia. Mentre estudiava, s’interessà per la meteorologia i va fer diverses taules de les temperatures observades a Barcelona durant l’any 1822 i posteriors, que publicà al Diari de Barcelona. El 1827 va reformar l’Observatori Meteorològic de la ciutat comtal i, el mateix any, va publicar Disertatio de Nervo Adoratus, text que fou premiat a la Universitat de Barcelona amb la medalla d’or, guardó que li va valdre la condecoració pública el 21 de desembre. El 1828 va obtenir una plaça com a professor ajudant al Reial Col·legi de Medicina i Cirurgia de Barcelona. El 1830 va opositar i va obtenir la Càtedra d’Anatomia del Reial Col·legi de San Carlos de Madrid i, el 1838, va obtenir la Càtedra de Fisiologia Comparada de l’Ateneo Matritense, convertint-se en el primer en realitzar treballs experimentals d’aquesta disciplina dins l’estat espanyol.

El 1835 va ser comissionat pel Govern perquè estudiés l’epidèmia de còlera morbo que hi havia al nord de la Península i redactés la corresponent memòria de la feina feta. Se li va atorgar la Creu d’Epidèmies i la Medalla d’Or de primera classe de les Facultats de Medicina i Cirurgia de Madrid.

El 1838 va ser nomenat jutge del tribunal de les oposicions a la plaça vacant del Museu de Ciències Naturals de Madrid. El 9 de març, el rei de França li va atorgar una autorització expressa per a poder exercir la medicina a França per un període de dos anys, on va estudiar a París les teories de Samuel Hahnemann, l’anomenat pare de l’homeopatia, les teories del qual es va dedicar a propagar quan va tornar a Madrid el 1841. En aquell moment es va instal·lar a la capital espanyola amb la seva esposa Manuela i el seu fill Lluís.

El 1843, arran d’haver guarit una de les infantes reials d’una greu malaltia, va ser nomenat metge-cirurgià de la Reial Cambra d’Isabel II i, més tard, primer metge de Cambra del Sereníssim Senyor Infante D. Francisco de Paula. El 1846 va ser un dels catedràtics que formà la “Comisión de clasificación de catedráticos del reino” i que va elaborar el “Proyecto de escalafón general de catedráticos”. El 1851, el mateix any en què era nomenat Inspector General d’Instrucció Pública, va fundar l’Acadèmia homeopàtica de Barcelona.

Va pertànyer a moltes societats científiques d’Espanya i d’Europa. Fou condecorat també amb l’Ordre de Carlos III i la d’Isabel la Catòlica i va ser nomenat oficial de la Legió d’Honor de França. Va deixar publicacions com Tratado de la blefaroplastia temporofacial, La Filosofía médica reinante, Memoire sur la colique de Madrid, Disertatio de nervo odoratus, Dogmas de la Homeopatía, La certidumbre de la Homeopatía i Memorias sobre la alteración de la sangre en el cólera morbo.

A banda de la seva faceta com a metge, va ser testimoni a París d’alguns dels treballs de Louis Jacques Mandé Daguerrer, de qui va traduir i comentar, el 1839, el llibre Descripciones históricas del proceso de Daguerre. I va ajudar a introduir la fotografia a Espanya.

Va morir a Madrid el 14 de març de 1883.